cyanobase » Candidatus Synechococcus spongiarum 15L

Candidatus Synechococcus spongiarum 15L

Summary

? | +/- | Top
Data source name GCA_001007635.1
Full name Candidatus Synechococcus spongiarum 15L External
Taxonomy Lineage Cyanobacteria; Oscillatoriophycideae; Chroococcales; Synechococcus.

Genome Information

? | +/- | Top
Chromosomes
Name Size (bp) Genes
JYFQ01000079 42,660 27
JYFQ01000140 38,129 30
JYFQ01000005 37,533 33
JYFQ01000064 37,041 17
JYFQ01000204 36,933 40
JYFQ01000008 35,954 32
JYFQ01000150 33,853 24
JYFQ01000070 33,818 23
JYFQ01000066 32,440 52
JYFQ01000019 30,369 25
JYFQ01000092 29,904 21
JYFQ01000065 29,303 19
JYFQ01000131 27,061 30
JYFQ01000229 26,643 24
JYFQ01000145 25,714 23
JYFQ01000212 24,086 18
JYFQ01000215 23,140 22
JYFQ01000085 22,037 17
JYFQ01000115 21,782 17
JYFQ01000125 21,752 24
JYFQ01000141 20,499 19
JYFQ01000094 20,494 20
JYFQ01000187 20,346 17
JYFQ01000042 20,119 16
JYFQ01000081 19,642 20
JYFQ01000118 19,028 15
JYFQ01000054 18,054 14
JYFQ01000059 17,980 13
JYFQ01000060 17,658 18
JYFQ01000108 17,628 12
JYFQ01000100 17,438 14
JYFQ01000041 17,371 10
JYFQ01000107 17,226 13
JYFQ01000071 17,084 10
JYFQ01000050 16,651 12
JYFQ01000106 16,633 14
JYFQ01000093 16,538 17
JYFQ01000046 16,499 12
JYFQ01000134 16,376 10
JYFQ01000049 16,011 12
JYFQ01000110 15,925 17
JYFQ01000003 15,815 12
JYFQ01000004 15,685 11
JYFQ01000168 15,671 15
JYFQ01000190 15,292 10
JYFQ01000099 15,164 11
JYFQ01000135 15,125 15
JYFQ01000053 14,861 17
JYFQ01000203 14,814 12
JYFQ01000040 14,784 14
JYFQ01000202 14,691 10
JYFQ01000020 14,292 10
JYFQ01000113 14,282 13
JYFQ01000097 14,272 11
JYFQ01000206 14,200 16
JYFQ01000013 14,034 17
JYFQ01000180 14,010 11
JYFQ01000161 13,517 15
JYFQ01000211 13,262 9
JYFQ01000039 13,242 13
JYFQ01000169 13,170 15
JYFQ01000012 13,139 12
JYFQ01000224 13,127 9
JYFQ01000201 12,626 14
JYFQ01000205 12,363 12
JYFQ01000109 12,339 10
JYFQ01000030 11,930 8
JYFQ01000038 11,919 18
JYFQ01000098 11,523 13
JYFQ01000104 11,219 5
JYFQ01000029 10,580 5
JYFQ01000156 10,535 12
JYFQ01000223 10,286 9
JYFQ01000228 10,155 7
JYFQ01000062 10,148 10
JYFQ01000063 10,114 9
JYFQ01000116 10,068 11
JYFQ01000096 10,022 10
JYFQ01000197 10,015 8
JYFQ01000090 9,829 13
JYFQ01000084 9,820 11
JYFQ01000227 9,745 9
JYFQ01000160 9,726 8
JYFQ01000052 9,622 7
JYFQ01000166 9,567 6
JYFQ01000222 9,527 12
JYFQ01000157 9,455 12
JYFQ01000058 9,432 8
JYFQ01000221 9,216 5
JYFQ01000114 9,141 11
JYFQ01000144 9,120 9
JYFQ01000091 8,826 10
JYFQ01000069 8,713 11
JYFQ01000159 8,513 7
JYFQ01000214 8,396 11
JYFQ01000220 8,325 6
JYFQ01000186 8,292 5
JYFQ01000167 8,213 8
JYFQ01000032 8,190 2
JYFQ01000139 8,133 6
JYFQ01000226 8,118 9
JYFQ01000002 8,061 4
JYFQ01000165 8,002 7
JYFQ01000149 7,968 10
JYFQ01000120 7,754 4
JYFQ01000018 7,655 10
JYFQ01000210 7,487 8
JYFQ01000155 7,237 7
JYFQ01000088 7,229 8
JYFQ01000177 7,169 6
JYFQ01000043 6,996 3
JYFQ01000137 6,854 4
JYFQ01000026 6,849 9
JYFQ01000146 6,842 11
JYFQ01000195 6,656 7
JYFQ01000089 6,633 6
JYFQ01000011 6,397 4
JYFQ01000219 6,343 6
JYFQ01000061 6,225 5
JYFQ01000154 6,178 5
JYFQ01000086 5,993 4
JYFQ01000057 5,991 9
JYFQ01000035 5,958 5
JYFQ01000023 5,873 5
JYFQ01000025 5,789 7
JYFQ01000152 5,681 3
JYFQ01000087 5,668 5
JYFQ01000017 5,646 6
JYFQ01000198 5,624 8
JYFQ01000044 5,467 7
JYFQ01000010 5,433 5
JYFQ01000122 5,369 5
JYFQ01000209 5,238 2
JYFQ01000189 5,126 5
JYFQ01000068 5,079 5
JYFQ01000001 5,062 4
JYFQ01000130 4,986 6
JYFQ01000196 4,958 5
JYFQ01000112 4,916 5
JYFQ01000133 4,893 6
JYFQ01000148 4,890 6
JYFQ01000176 4,835 2
JYFQ01000194 4,731 5
JYFQ01000184 4,686 4
JYFQ01000173 4,663 4
JYFQ01000164 4,622 7
JYFQ01000185 4,610 3
JYFQ01000078 4,607 5
JYFQ01000051 4,596 3
JYFQ01000028 4,591 4
JYFQ01000031 4,584 2
JYFQ01000119 4,572 1
JYFQ01000077 4,551 4
JYFQ01000121 4,550 3
JYFQ01000045 4,547 4
JYFQ01000174 4,545 6
JYFQ01000138 4,245 7
JYFQ01000183 4,107 3
JYFQ01000027 4,100 3
JYFQ01000083 4,046 4
JYFQ01000128 4,008 4
JYFQ01000175 3,974 2
JYFQ01000016 3,956 2
JYFQ01000129 3,905 2
JYFQ01000103 3,892 3
JYFQ01000218 3,764 4
JYFQ01000124 3,726 4
JYFQ01000080 3,703 4
JYFQ01000172 3,685 1
JYFQ01000192 3,615 3
JYFQ01000076 3,602 0
JYFQ01000143 3,510 4
JYFQ01000105 3,496 2
JYFQ01000022 3,462 4
JYFQ01000101 3,461 1
JYFQ01000193 3,448 3
JYFQ01000153 3,408 3
JYFQ01000034 3,294 3
JYFQ01000037 3,270 1
JYFQ01000102 3,256 3
JYFQ01000213 3,210 2
JYFQ01000117 3,149 0
JYFQ01000123 3,108 1
JYFQ01000007 3,107 4
JYFQ01000006 3,045 4
JYFQ01000056 3,034 5
JYFQ01000009 3,025 2
JYFQ01000163 3,021 3
JYFQ01000036 3,012 3
JYFQ01000182 2,980 2
JYFQ01000033 2,965 3
JYFQ01000181 2,957 2
JYFQ01000074 2,946 3
JYFQ01000142 2,929 3
JYFQ01000048 2,928 1
JYFQ01000075 2,893 2
JYFQ01000067 2,868 1
JYFQ01000217 2,839 1
JYFQ01000055 2,806 1
JYFQ01000015 2,774 3
JYFQ01000024 2,625 3
JYFQ01000014 2,600 3
JYFQ01000073 2,571 3
JYFQ01000179 2,569 2
JYFQ01000207 2,559 3
JYFQ01000095 2,527 4
JYFQ01000162 2,491 2
JYFQ01000171 2,467 3
JYFQ01000208 2,448 1
JYFQ01000188 2,438 3
JYFQ01000111 2,415 3
JYFQ01000127 2,378 3
JYFQ01000072 2,362 4
JYFQ01000132 2,362 1
JYFQ01000170 2,334 3
JYFQ01000021 2,326 1
JYFQ01000147 2,293 3
JYFQ01000151 2,233 0
JYFQ01000136 2,233 2
JYFQ01000126 2,232 1
JYFQ01000225 2,228 3
JYFQ01000178 2,221 2
JYFQ01000191 2,163 2
JYFQ01000082 2,160 0
JYFQ01000200 2,122 2
JYFQ01000047 2,081 2
JYFQ01000199 2,066 0
JYFQ01000216 2,031 1
JYFQ01000158 2,010 2
Total 2,209,101 1,920
Features FeaturesView : 0 features

Genes

? | +/- | Top
List GenesView csv txt FAA
Geneset GenesetView
Function category GeneCategoryView csv txt
Annotation Gene Annotation WordCloudView

Tools and analysis

? | +/- | Top
BLAST2
KazusaMart Dataset GCA_001007635.1

Genome-scale data

? | +/- | Top
Curated mutant information Genes and Mutants - as known as CyanoGenes/Mutants
Proteome
Interactome
Transcriptome
Bibliome References from Kazusa GeneIndexing articles External

Bibliography

? | +/- | Top
References
Gene Indexing Kazusa GeneIndexing articles External Feed-icon

Resources

? | +/- | Top
Data dowonload Distribution of Sequence and Annotated Data Files (FTP) External
Sequence data INSDB DNA DataBank FlatFiles External
Social genome annotation
DAS service
NCBI Taxonomy Taxonomy ID: External
KEGG GENOME External
UniProt taxonomy: in UniProt External

API

? | +/- | Top
Genomes Chromosomes/Plasmids
Genes File format:
ColumnDescription or example
1Data source nameSynechocystis
2IDslr1311
3Chromosome nameChr
4Start position7229
5End position8311
6Orientation+ or -
7Definitionphotosystem II D1 protein
Protein sequences /cyanobase/GCA_001007635.1/genes.faa -- AminoAcids sequence in Fasta format.
Nucleotide sequences
Gene symbols /cyanobase/GCA_001007635.1/genes/search/dsn/gene_symbol.txt (File format)
GeneIndex gnames /cyanobase/GCA_001007635.1/genes/search/dsn/gi_gname.txt (File format)
Gene function category File format:
ColumnDescription or example
1Gene IDsll0084
2Gene Deffinitionputative phosphatase
3First category IDA
4First category nameAmino acid biosynthesis
5Second category IDA1
6Second category nameAromatic amino acid family
Gene annotation word clouds /cyanobase/GCA_001007635.1/genes/word_cloud.txt -- tab delimitered text format.
File format:
ColumnDescription or example
1Word
2CountInteger
/cyanobase/GCA_001007635.1/genes/word_cloud?style=plain -- Plain view in html
/cyanobase/GCA_001007635.1/genes/word_cloud?c=10 -- 10 counts cut-off in html.
GO Terms by ipr2go /api/cyanobase/GCA_001007635.1/genes/goterm.txt (File format)
InterProScan matches /api/cyanobase/GCA_001007635.1/genes/interpro.txt (File format)

Kazusa DNA Research Institute

Licence and disclaimer