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cyanobase » Prochlorococcus sp. scB245a_521B10

Prochlorococcus sp. scB245a_521B10

Summary

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Data source name GCA_000635835.1
Full name Prochlorococcus sp. scB245a_521B10
Taxonomy Lineage Cyanobacteria; Prochlorales; Prochlorococcaceae; Prochlorococcus.

Genome Information

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Chromosomes
Name Size (bp) Genes
JFNX01000105 213,362 0
JFNX01000050 167,714 0
JFNX01000066 147,959 0
JFNX01000048 122,344 0
JFNX01000003 118,958 0
JFNX01000191 88,232 0
JFNX01000001 85,133 0
JFNX01000073 66,892 0
JFNX01000076 62,966 0
JFNX01000068 52,801 0
JFNX01000153 46,345 0
JFNX01000075 38,714 0
JFNX01000141 38,323 0
JFNX01000142 18,105 0
JFNX01000002 14,425 0
JFNX01000069 13,197 0
JFNX01000070 12,665 0
JFNX01000140 12,615 0
JFNX01000007 10,894 0
JFNX01000190 9,696 0
JFNX01000008 8,883 0
JFNX01000006 8,812 0
JFNX01000183 8,803 0
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JFNX01000195 7,355 0
JFNX01000067 6,859 0
JFNX01000107 6,114 0
JFNX01000196 5,125 0
JFNX01000071 5,024 0
JFNX01000152 4,932 0
JFNX01000189 4,748 0
JFNX01000182 4,224 0
JFNX01000156 3,962 0
JFNX01000110 3,922 0
JFNX01000010 3,859 0
JFNX01000074 3,785 0
JFNX01000178 3,436 0
JFNX01000150 3,334 0
JFNX01000049 3,164 0
JFNX01000187 2,975 0
JFNX01000199 2,280 0
JFNX01000004 2,150 0
JFNX01000185 2,115 0
JFNX01000155 1,956 0
JFNX01000079 1,754 0
JFNX01000046 1,713 0
JFNX01000064 1,693 0
JFNX01000198 1,643 0
JFNX01000106 1,603 0
JFNX01000011 1,557 0
JFNX01000197 1,530 0
JFNX01000138 1,422 0
JFNX01000042 1,405 0
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JFNX01000111 1,263 0
JFNX01000148 1,250 0
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JFNX01000136 1,161 0
JFNX01000085 1,120 0
JFNX01000044 1,093 0
JFNX01000157 1,056 0
JFNX01000202 1,021 0
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JFNX01000014 266 0
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JFNX01000210 215 0
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JFNX01000203 213 0
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JFNX01000098 203 0
JFNX01000206 202 0
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JFNX01000215 200 0
JFNX01000096 200 0
JFNX01000028 200 0
Total 1,555,095 0
Features FeaturesView : 0 features

Genes

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Function category GeneCategoryView csv txt
Annotation Gene Annotation WordCloudView

Tools and analysis

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Resources

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About species GCA_000635835.1 External
Data dowonload Distribution of Sequence and Annotated Data Files (FTP) External
NCBI Taxonomy Taxonomy ID: External
KEGG GENOME External
UniProt taxonomy: in UniProt External

API

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Genes File format:
Column Description or example
1 Data source name Synechocystis
2 ID slr1311
3 Chromosome name Chr
4 Start position 7229
5 End position 8311
6 Orientation + or -
7 Definition photosystem II D1 protein
Protein sequences /cyanobase/GCA_000635835.1/genes.faa -- AminoAcids sequence in Fasta format.
Nucleotide sequences /cyanobase/GCA_000635835.1/genes.fna -- Nucleotide sequence in Fasta format.
Gene symbols /cyanobase/GCA_000635835.1/genes/search/dsn/gene_symbol.txt (File format)
GeneIndex gnames /cyanobase/GCA_000635835.1/genes/search/dsn/gi_gname.txt (File format)
Gene function category File format:
Column Description or example
1 Gene ID sll0084
2 Gene Deffinition putative phosphatase
3 First category ID A
4 First category name Amino acid biosynthesis
5 Second category ID A1
6 Second category name Aromatic amino acid family
Gene annotation word clouds /cyanobase/GCA_000635835.1/genes/word_cloud.txt -- tab delimitered text format.
File format:
ColumnDescription or example
1Word
2CountInteger
/cyanobase/GCA_000635835.1/genes/word_cloud?style=plain -- Plain view in html
/cyanobase/GCA_000635835.1/genes/word_cloud?c=10 -- 10 counts cut-off in html.
GO Terms by ipr2go /api/cyanobase/GCA_000635835.1/genes/goterm.txt (File format)
InterProScan matches /api/cyanobase/GCA_000635835.1/genes/interpro.txt (File format)

MicrobeBase