cyanobase » Prochlorococcus sp. scB245a_520F22

Prochlorococcus sp. scB245a_520F22

Summary

? | +/- | Top
Data source name GCA_000635815.1
Full name Prochlorococcus sp. scB245a_520F22 External
Taxonomy Lineage Cyanobacteria; Prochlorales; Prochlorococcaceae; Prochlorococcus.

Genome Information

? | +/- | Top
Chromosomes
Name Size (bp) Genes
JFNT01000225 220,625 0
JFNT01000001 141,772 0
JFNT01000195 131,559 0
JFNT01000084 101,330 0
JFNT01000006 94,453 0
JFNT01000035 75,509 0
JFNT01000218 64,327 0
JFNT01000175 54,510 0
JFNT01000041 47,279 0
JFNT01000049 47,082 0
JFNT01000040 33,645 0
JFNT01000052 30,741 0
JFNT01000005 19,015 0
JFNT01000191 16,239 0
JFNT01000235 14,208 0
JFNT01000219 13,338 0
JFNT01000047 12,304 0
JFNT01000039 12,117 0
JFNT01000135 10,740 0
JFNT01000042 10,050 0
JFNT01000136 9,943 0
JFNT01000193 9,056 0
JFNT01000043 7,837 0
JFNT01000217 7,488 0
JFNT01000036 6,345 0
JFNT01000046 5,847 0
JFNT01000145 5,511 0
JFNT01000192 5,415 0
JFNT01000223 4,335 0
JFNT01000137 3,759 0
JFNT01000045 3,667 0
JFNT01000176 3,588 0
JFNT01000085 3,535 0
JFNT01000007 3,378 0
JFNT01000146 3,299 0
JFNT01000190 3,229 0
JFNT01000138 2,646 0
JFNT01000053 2,573 0
JFNT01000147 2,522 0
JFNT01000224 2,262 0
JFNT01000186 2,138 0
JFNT01000115 2,074 0
JFNT01000056 2,057 0
JFNT01000194 2,007 0
JFNT01000172 1,727 0
JFNT01000105 1,725 0
JFNT01000034 1,649 0
JFNT01000179 1,616 0
JFNT01000245 1,516 0
JFNT01000237 1,404 0
JFNT01000229 1,331 0
JFNT01000094 1,237 0
JFNT01000108 1,166 0
JFNT01000144 1,088 0
JFNT01000048 1,059 0
JFNT01000032 1,057 0
JFNT01000240 1,055 0
JFNT01000124 1,047 0
JFNT01000150 1,044 0
JFNT01000185 1,037 0
JFNT01000054 1,034 0
JFNT01000011 1,021 0
JFNT01000044 1,012 0
JFNT01000101 1,007 0
JFNT01000158 959 0
JFNT01000226 953 0
JFNT01000196 884 0
JFNT01000058 861 0
JFNT01000244 819 0
JFNT01000029 807 0
JFNT01000189 791 0
JFNT01000170 782 0
JFNT01000227 775 0
JFNT01000129 765 0
JFNT01000055 764 0
JFNT01000148 757 0
JFNT01000157 756 0
JFNT01000023 745 0
JFNT01000171 740 0
JFNT01000160 732 0
JFNT01000180 720 0
JFNT01000236 713 0
JFNT01000119 699 0
JFNT01000174 671 0
JFNT01000161 666 0
JFNT01000096 659 0
JFNT01000126 653 0
JFNT01000091 653 0
JFNT01000151 647 0
JFNT01000026 636 0
JFNT01000117 620 0
JFNT01000103 615 0
JFNT01000060 614 0
JFNT01000095 607 0
JFNT01000100 593 0
JFNT01000230 592 0
JFNT01000057 592 0
JFNT01000077 586 0
JFNT01000134 578 0
JFNT01000142 577 0
JFNT01000156 574 0
JFNT01000062 574 0
JFNT01000184 573 0
JFNT01000187 572 0
JFNT01000114 571 0
JFNT01000061 558 0
JFNT01000149 543 0
JFNT01000037 518 0
JFNT01000027 517 0
JFNT01000232 514 0
JFNT01000059 514 0
JFNT01000104 511 0
JFNT01000025 510 0
JFNT01000112 484 0
JFNT01000199 479 0
JFNT01000143 478 0
JFNT01000204 477 0
JFNT01000214 477 0
JFNT01000220 476 0
JFNT01000139 464 0
JFNT01000071 460 0
JFNT01000211 458 0
JFNT01000031 455 0
JFNT01000173 443 0
JFNT01000210 438 0
JFNT01000067 436 0
JFNT01000038 434 0
JFNT01000242 434 0
JFNT01000169 427 0
JFNT01000018 424 0
JFNT01000028 420 0
JFNT01000120 413 0
JFNT01000068 413 0
JFNT01000152 411 0
JFNT01000154 406 0
JFNT01000093 401 0
JFNT01000212 395 0
JFNT01000070 394 0
JFNT01000087 389 0
JFNT01000213 384 0
JFNT01000221 380 0
JFNT01000079 374 0
JFNT01000082 372 0
JFNT01000131 371 0
JFNT01000168 371 0
JFNT01000113 368 0
JFNT01000083 365 0
JFNT01000099 364 0
JFNT01000020 363 0
JFNT01000017 360 0
JFNT01000198 357 0
JFNT01000078 354 0
JFNT01000197 347 0
JFNT01000202 346 0
JFNT01000216 342 0
JFNT01000110 341 0
JFNT01000178 341 0
JFNT01000125 334 0
JFNT01000109 330 0
JFNT01000153 330 0
JFNT01000098 329 0
JFNT01000231 321 0
JFNT01000166 321 0
JFNT01000133 320 0
JFNT01000183 319 0
JFNT01000092 319 0
JFNT01000073 317 0
JFNT01000215 315 0
JFNT01000074 314 0
JFNT01000075 313 0
JFNT01000088 311 0
JFNT01000200 310 0
JFNT01000208 305 0
JFNT01000162 304 0
JFNT01000076 301 0
JFNT01000228 299 0
JFNT01000030 298 0
JFNT01000243 297 0
JFNT01000201 295 0
JFNT01000206 295 0
JFNT01000188 288 0
JFNT01000128 284 0
JFNT01000140 280 0
JFNT01000233 279 0
JFNT01000066 279 0
JFNT01000111 276 0
JFNT01000165 275 0
JFNT01000010 273 0
JFNT01000051 272 0
JFNT01000127 272 0
JFNT01000004 270 0
JFNT01000239 270 0
JFNT01000241 267 0
JFNT01000063 266 0
JFNT01000064 266 0
JFNT01000238 266 0
JFNT01000016 265 0
JFNT01000008 263 0
JFNT01000086 260 0
JFNT01000002 258 0
JFNT01000122 258 0
JFNT01000072 258 0
JFNT01000121 257 0
JFNT01000167 257 0
JFNT01000065 256 0
JFNT01000118 255 0
JFNT01000003 251 0
JFNT01000013 248 0
JFNT01000130 248 0
JFNT01000009 248 0
JFNT01000116 245 0
JFNT01000107 245 0
JFNT01000090 244 0
JFNT01000015 242 0
JFNT01000014 242 0
JFNT01000019 241 0
JFNT01000033 239 0
JFNT01000155 238 0
JFNT01000205 233 0
JFNT01000222 232 0
JFNT01000123 230 0
JFNT01000177 229 0
JFNT01000141 228 0
JFNT01000159 228 0
JFNT01000106 226 0
JFNT01000203 225 0
JFNT01000050 225 0
JFNT01000209 225 0
JFNT01000024 225 0
JFNT01000021 223 0
JFNT01000089 221 0
JFNT01000069 219 0
JFNT01000207 219 0
JFNT01000080 218 0
JFNT01000132 217 0
JFNT01000234 215 0
JFNT01000182 214 0
JFNT01000022 210 0
JFNT01000097 208 0
JFNT01000181 208 0
JFNT01000164 208 0
JFNT01000163 205 0
JFNT01000081 205 0
JFNT01000012 203 0
JFNT01000102 200 0
Total 1,353,699 0
Features FeaturesView : 0 features

Genes

? | +/- | Top
List GenesView csv txt FAA
Geneset GenesetView
Function category GeneCategoryView csv txt
Annotation Gene Annotation WordCloudView

Tools and analysis

? | +/- | Top
BLAST2
KazusaMart Dataset GCA_000635815.1

Genome-scale data

? | +/- | Top
Curated mutant information Genes and Mutants - as known as CyanoGenes/Mutants
Proteome
Interactome
Transcriptome
Bibliome References from Kazusa GeneIndexing articles External

Bibliography

? | +/- | Top
References
Gene Indexing Kazusa GeneIndexing articles External Feed-icon

Resources

? | +/- | Top
Data dowonload Distribution of Sequence and Annotated Data Files (FTP) External
Sequence data INSDB DNA DataBank FlatFiles External
Social genome annotation
DAS service
NCBI Taxonomy Taxonomy ID: External
KEGG GENOME External
UniProt taxonomy: in UniProt External

API

? | +/- | Top
Genomes Chromosomes/Plasmids
Genes File format:
ColumnDescription or example
1Data source nameSynechocystis
2IDslr1311
3Chromosome nameChr
4Start position7229
5End position8311
6Orientation+ or -
7Definitionphotosystem II D1 protein
Protein sequences /cyanobase/GCA_000635815.1/genes.faa -- AminoAcids sequence in Fasta format.
Nucleotide sequences
Gene symbols /cyanobase/GCA_000635815.1/genes/search/dsn/gene_symbol.txt (File format)
GeneIndex gnames /cyanobase/GCA_000635815.1/genes/search/dsn/gi_gname.txt (File format)
Gene function category File format:
ColumnDescription or example
1Gene IDsll0084
2Gene Deffinitionputative phosphatase
3First category IDA
4First category nameAmino acid biosynthesis
5Second category IDA1
6Second category nameAromatic amino acid family
Gene annotation word clouds /cyanobase/GCA_000635815.1/genes/word_cloud.txt -- tab delimitered text format.
File format:
ColumnDescription or example
1Word
2CountInteger
/cyanobase/GCA_000635815.1/genes/word_cloud?style=plain -- Plain view in html
/cyanobase/GCA_000635815.1/genes/word_cloud?c=10 -- 10 counts cut-off in html.
GO Terms by ipr2go /api/cyanobase/GCA_000635815.1/genes/goterm.txt (File format)
InterProScan matches /api/cyanobase/GCA_000635815.1/genes/interpro.txt (File format)

Kazusa DNA Research Institute

Licence and disclaimer