cyanobase » Prochlorococcus sp. scB243_498G3

Prochlorococcus sp. scB243_498G3

Summary

? | +/- | Top
Data source name GCA_000635635.1
Full name Prochlorococcus sp. scB243_498G3 External
Taxonomy Lineage Cyanobacteria; Prochlorales; Prochlorococcaceae; Prochlorococcus.

Genome Information

? | +/- | Top
Chromosomes
Name Size (bp) Genes
JFMQ01000100 182,492 0
JFMQ01000002 111,609 0
JFMQ01000192 84,125 0
JFMQ01000133 76,214 0
JFMQ01000171 55,007 0
JFMQ01000246 39,460 0
JFMQ01000266 33,394 0
JFMQ01000120 30,289 0
JFMQ01000105 29,457 0
JFMQ01000089 27,865 0
JFMQ01000102 21,512 0
JFMQ01000068 21,271 0
JFMQ01000210 18,282 0
JFMQ01000067 16,135 0
JFMQ01000007 14,134 0
JFMQ01000103 10,455 0
JFMQ01000229 9,356 0
JFMQ01000118 7,810 0
JFMQ01000173 7,712 0
JFMQ01000106 7,640 0
JFMQ01000126 7,477 0
JFMQ01000109 7,188 0
JFMQ01000107 7,150 0
JFMQ01000108 7,089 0
JFMQ01000134 7,026 0
JFMQ01000208 6,716 0
JFMQ01000245 6,404 0
JFMQ01000267 6,216 0
JFMQ01000119 5,291 0
JFMQ01000009 4,585 0
JFMQ01000001 4,515 0
JFMQ01000191 4,358 0
JFMQ01000101 4,344 0
JFMQ01000231 4,119 0
JFMQ01000043 3,846 0
JFMQ01000104 3,670 0
JFMQ01000139 3,254 0
JFMQ01000124 2,802 0
JFMQ01000291 2,476 0
JFMQ01000201 2,395 0
JFMQ01000284 2,272 0
JFMQ01000135 2,246 0
JFMQ01000211 1,994 0
JFMQ01000232 1,911 0
JFMQ01000154 1,866 0
JFMQ01000197 1,802 0
JFMQ01000230 1,785 0
JFMQ01000177 1,708 0
JFMQ01000288 1,708 0
JFMQ01000175 1,674 0
JFMQ01000182 1,661 0
JFMQ01000290 1,531 0
JFMQ01000274 1,466 0
JFMQ01000170 1,456 0
JFMQ01000004 1,398 0
JFMQ01000125 1,279 0
JFMQ01000187 1,243 0
JFMQ01000302 1,229 0
JFMQ01000061 1,223 0
JFMQ01000111 1,218 0
JFMQ01000286 1,172 0
JFMQ01000285 1,159 0
JFMQ01000143 1,092 0
JFMQ01000287 1,090 0
JFMQ01000091 1,082 0
JFMQ01000003 1,082 0
JFMQ01000184 1,062 0
JFMQ01000268 1,046 0
JFMQ01000057 1,035 0
JFMQ01000228 1,027 0
JFMQ01000258 1,017 0
JFMQ01000053 1,013 0
JFMQ01000123 1,010 0
JFMQ01000150 1,002 0
JFMQ01000256 984 0
JFMQ01000172 980 0
JFMQ01000140 969 0
JFMQ01000323 965 0
JFMQ01000095 953 0
JFMQ01000193 927 0
JFMQ01000039 915 0
JFMQ01000008 903 0
JFMQ01000059 852 0
JFMQ01000145 847 0
JFMQ01000165 841 0
JFMQ01000223 834 0
JFMQ01000289 834 0
JFMQ01000183 812 0
JFMQ01000233 800 0
JFMQ01000225 785 0
JFMQ01000179 775 0
JFMQ01000045 763 0
JFMQ01000020 759 0
JFMQ01000092 736 0
JFMQ01000181 733 0
JFMQ01000315 733 0
JFMQ01000292 726 0
JFMQ01000036 717 0
JFMQ01000093 697 0
JFMQ01000028 688 0
JFMQ01000235 675 0
JFMQ01000029 672 0
JFMQ01000198 666 0
JFMQ01000122 665 0
JFMQ01000155 663 0
JFMQ01000200 658 0
JFMQ01000186 633 0
JFMQ01000239 618 0
JFMQ01000019 613 0
JFMQ01000316 609 0
JFMQ01000270 594 0
JFMQ01000146 590 0
JFMQ01000128 589 0
JFMQ01000319 588 0
JFMQ01000241 586 0
JFMQ01000262 586 0
JFMQ01000199 580 0
JFMQ01000279 580 0
JFMQ01000098 579 0
JFMQ01000117 579 0
JFMQ01000217 568 0
JFMQ01000062 567 0
JFMQ01000167 561 0
JFMQ01000260 557 0
JFMQ01000114 550 0
JFMQ01000303 543 0
JFMQ01000265 543 0
JFMQ01000253 542 0
JFMQ01000168 541 0
JFMQ01000127 537 0
JFMQ01000037 535 0
JFMQ01000006 525 0
JFMQ01000121 517 0
JFMQ01000263 513 0
JFMQ01000041 498 0
JFMQ01000324 498 0
JFMQ01000066 497 0
JFMQ01000213 495 0
JFMQ01000051 495 0
JFMQ01000169 492 0
JFMQ01000027 491 0
JFMQ01000278 491 0
JFMQ01000147 489 0
JFMQ01000094 482 0
JFMQ01000297 482 0
JFMQ01000227 479 0
JFMQ01000025 472 0
JFMQ01000156 469 0
JFMQ01000296 458 0
JFMQ01000075 456 0
JFMQ01000174 454 0
JFMQ01000273 453 0
JFMQ01000298 452 0
JFMQ01000318 449 0
JFMQ01000032 445 0
JFMQ01000017 444 0
JFMQ01000280 438 0
JFMQ01000325 437 0
JFMQ01000060 436 0
JFMQ01000214 435 0
JFMQ01000238 434 0
JFMQ01000031 429 0
JFMQ01000030 427 0
JFMQ01000024 426 0
JFMQ01000281 425 0
JFMQ01000149 423 0
JFMQ01000294 420 0
JFMQ01000159 418 0
JFMQ01000136 410 0
JFMQ01000042 396 0
JFMQ01000218 391 0
JFMQ01000129 391 0
JFMQ01000157 390 0
JFMQ01000163 390 0
JFMQ01000207 389 0
JFMQ01000240 388 0
JFMQ01000293 386 0
JFMQ01000269 382 0
JFMQ01000033 382 0
JFMQ01000259 380 0
JFMQ01000132 378 0
JFMQ01000131 377 0
JFMQ01000055 376 0
JFMQ01000189 375 0
JFMQ01000035 373 0
JFMQ01000252 371 0
JFMQ01000304 371 0
JFMQ01000176 358 0
JFMQ01000044 357 0
JFMQ01000221 353 0
JFMQ01000299 351 0
JFMQ01000206 350 0
JFMQ01000301 349 0
JFMQ01000084 349 0
JFMQ01000112 348 0
JFMQ01000097 348 0
JFMQ01000158 347 0
JFMQ01000087 347 0
JFMQ01000307 346 0
JFMQ01000130 343 0
JFMQ01000164 343 0
JFMQ01000152 343 0
JFMQ01000148 340 0
JFMQ01000141 340 0
JFMQ01000180 339 0
JFMQ01000300 336 0
JFMQ01000264 336 0
JFMQ01000254 334 0
JFMQ01000058 333 0
JFMQ01000321 331 0
JFMQ01000309 328 0
JFMQ01000216 328 0
JFMQ01000074 326 0
JFMQ01000096 326 0
JFMQ01000046 321 0
JFMQ01000261 320 0
JFMQ01000313 315 0
JFMQ01000255 313 0
JFMQ01000050 311 0
JFMQ01000016 308 0
JFMQ01000072 308 0
JFMQ01000320 307 0
JFMQ01000190 306 0
JFMQ01000026 305 0
JFMQ01000138 305 0
JFMQ01000215 301 0
JFMQ01000161 300 0
JFMQ01000322 299 0
JFMQ01000203 299 0
JFMQ01000247 291 0
JFMQ01000056 289 0
JFMQ01000212 289 0
JFMQ01000305 287 0
JFMQ01000308 285 0
JFMQ01000311 283 0
JFMQ01000162 283 0
JFMQ01000257 283 0
JFMQ01000244 281 0
JFMQ01000205 276 0
JFMQ01000160 275 0
JFMQ01000312 275 0
JFMQ01000099 274 0
JFMQ01000249 272 0
JFMQ01000251 272 0
JFMQ01000222 270 0
JFMQ01000317 268 0
JFMQ01000295 267 0
JFMQ01000049 267 0
JFMQ01000226 265 0
JFMQ01000276 265 0
JFMQ01000220 265 0
JFMQ01000022 265 0
JFMQ01000064 264 0
JFMQ01000076 264 0
JFMQ01000110 262 0
JFMQ01000018 262 0
JFMQ01000034 261 0
JFMQ01000178 260 0
JFMQ01000079 260 0
JFMQ01000048 259 0
JFMQ01000188 259 0
JFMQ01000277 259 0
JFMQ01000196 257 0
JFMQ01000242 255 0
JFMQ01000237 255 0
JFMQ01000005 254 0
JFMQ01000282 253 0
JFMQ01000077 252 0
JFMQ01000243 251 0
JFMQ01000185 251 0
JFMQ01000224 250 0
JFMQ01000137 248 0
JFMQ01000195 248 0
JFMQ01000166 248 0
JFMQ01000085 246 0
JFMQ01000236 245 0
JFMQ01000142 244 0
JFMQ01000012 242 0
JFMQ01000306 241 0
JFMQ01000014 240 0
JFMQ01000209 240 0
JFMQ01000271 240 0
JFMQ01000052 239 0
JFMQ01000116 237 0
JFMQ01000310 237 0
JFMQ01000038 236 0
JFMQ01000090 236 0
JFMQ01000234 236 0
JFMQ01000250 236 0
JFMQ01000065 234 0
JFMQ01000013 234 0
JFMQ01000015 234 0
JFMQ01000113 231 0
JFMQ01000069 230 0
JFMQ01000047 230 0
JFMQ01000248 229 0
JFMQ01000204 227 0
JFMQ01000081 226 0
JFMQ01000083 225 0
JFMQ01000153 223 0
JFMQ01000021 223 0
JFMQ01000011 223 0
JFMQ01000023 222 0
JFMQ01000070 222 0
JFMQ01000202 221 0
JFMQ01000071 220 0
JFMQ01000115 218 0
JFMQ01000272 216 0
JFMQ01000073 216 0
JFMQ01000086 215 0
JFMQ01000219 213 0
JFMQ01000144 213 0
JFMQ01000078 212 0
JFMQ01000151 212 0
JFMQ01000283 212 0
JFMQ01000082 211 0
JFMQ01000080 210 0
JFMQ01000063 210 0
JFMQ01000010 209 0
JFMQ01000054 206 0
JFMQ01000314 205 0
JFMQ01000275 203 0
JFMQ01000194 201 0
JFMQ01000040 201 0
JFMQ01000088 200 0
Total 1,054,292 0
Features FeaturesView : 0 features

Genes

? | +/- | Top
List GenesView csv txt FAA
Geneset GenesetView
Function category GeneCategoryView csv txt
Annotation Gene Annotation WordCloudView

Tools and analysis

? | +/- | Top
BLAST2
KazusaMart Dataset GCA_000635635.1

Genome-scale data

? | +/- | Top
Curated mutant information Genes and Mutants - as known as CyanoGenes/Mutants
Proteome
Interactome
Transcriptome
Bibliome References from Kazusa GeneIndexing articles External

Bibliography

? | +/- | Top
References
Gene Indexing Kazusa GeneIndexing articles External Feed-icon

Resources

? | +/- | Top
Data dowonload Distribution of Sequence and Annotated Data Files (FTP) External
Sequence data INSDB DNA DataBank FlatFiles External
Social genome annotation
DAS service
NCBI Taxonomy Taxonomy ID: External
KEGG GENOME External
UniProt taxonomy: in UniProt External

API

? | +/- | Top
Genomes Chromosomes/Plasmids
Genes File format:
ColumnDescription or example
1Data source nameSynechocystis
2IDslr1311
3Chromosome nameChr
4Start position7229
5End position8311
6Orientation+ or -
7Definitionphotosystem II D1 protein
Protein sequences /cyanobase/GCA_000635635.1/genes.faa -- AminoAcids sequence in Fasta format.
Nucleotide sequences
Gene symbols /cyanobase/GCA_000635635.1/genes/search/dsn/gene_symbol.txt (File format)
GeneIndex gnames /cyanobase/GCA_000635635.1/genes/search/dsn/gi_gname.txt (File format)
Gene function category File format:
ColumnDescription or example
1Gene IDsll0084
2Gene Deffinitionputative phosphatase
3First category IDA
4First category nameAmino acid biosynthesis
5Second category IDA1
6Second category nameAromatic amino acid family
Gene annotation word clouds /cyanobase/GCA_000635635.1/genes/word_cloud.txt -- tab delimitered text format.
File format:
ColumnDescription or example
1Word
2CountInteger
/cyanobase/GCA_000635635.1/genes/word_cloud?style=plain -- Plain view in html
/cyanobase/GCA_000635635.1/genes/word_cloud?c=10 -- 10 counts cut-off in html.
GO Terms by ipr2go /api/cyanobase/GCA_000635635.1/genes/goterm.txt (File format)
InterProScan matches /api/cyanobase/GCA_000635635.1/genes/interpro.txt (File format)

Kazusa DNA Research Institute

Licence and disclaimer