cyanobase » Prochlorococcus sp. scB241_526D20

Prochlorococcus sp. scB241_526D20

Summary

? | +/- | Top
Data source name GCA_000635275.1
Full name Prochlorococcus sp. scB241_526D20 External
Taxonomy Lineage Cyanobacteria; Prochlorales; Prochlorococcaceae; Prochlorococcus.

Genome Information

? | +/- | Top
Chromosomes
Name Size (bp) Genes
JFKQ01000101 194,511 0
JFKQ01000106 180,831 0
JFKQ01000232 144,475 0
JFKQ01000018 144,135 0
JFKQ01000254 79,759 0
JFKQ01000076 67,648 0
JFKQ01000246 55,814 0
JFKQ01000235 55,243 0
JFKQ01000052 31,132 0
JFKQ01000214 29,707 0
JFKQ01000167 25,559 0
JFKQ01000034 17,214 0
JFKQ01000010 16,383 0
JFKQ01000233 14,989 0
JFKQ01000234 13,117 0
JFKQ01000283 11,769 0
JFKQ01000057 10,636 0
JFKQ01000255 9,946 0
JFKQ01000253 8,946 0
JFKQ01000265 8,940 0
JFKQ01000252 8,453 0
JFKQ01000058 6,921 0
JFKQ01000035 6,823 0
JFKQ01000107 6,704 0
JFKQ01000016 6,046 0
JFKQ01000105 5,576 0
JFKQ01000170 5,525 0
JFKQ01000261 5,509 0
JFKQ01000056 4,872 0
JFKQ01000282 3,797 0
JFKQ01000051 3,719 0
JFKQ01000259 3,553 0
JFKQ01000009 3,480 0
JFKQ01000165 3,249 0
JFKQ01000236 2,947 0
JFKQ01000077 2,597 0
JFKQ01000245 2,091 0
JFKQ01000266 2,065 0
JFKQ01000060 2,011 0
JFKQ01000033 1,978 0
JFKQ01000036 1,955 0
JFKQ01000166 1,954 0
JFKQ01000213 1,947 0
JFKQ01000264 1,601 0
JFKQ01000075 1,593 0
JFKQ01000260 1,563 0
JFKQ01000226 1,479 0
JFKQ01000053 1,446 0
JFKQ01000015 1,364 0
JFKQ01000281 1,357 0
JFKQ01000169 1,247 0
JFKQ01000202 1,215 0
JFKQ01000007 1,209 0
JFKQ01000055 1,202 0
JFKQ01000038 1,202 0
JFKQ01000100 1,164 0
JFKQ01000074 1,151 0
JFKQ01000173 1,142 0
JFKQ01000006 1,064 0
JFKQ01000043 1,056 0
JFKQ01000049 1,043 0
JFKQ01000008 979 0
JFKQ01000217 920 0
JFKQ01000065 913 0
JFKQ01000262 903 0
JFKQ01000247 877 0
JFKQ01000014 815 0
JFKQ01000017 781 0
JFKQ01000011 772 0
JFKQ01000171 765 0
JFKQ01000031 762 0
JFKQ01000054 687 0
JFKQ01000268 683 0
JFKQ01000140 676 0
JFKQ01000094 671 0
JFKQ01000196 670 0
JFKQ01000269 665 0
JFKQ01000205 658 0
JFKQ01000216 643 0
JFKQ01000215 630 0
JFKQ01000144 620 0
JFKQ01000270 619 0
JFKQ01000204 613 0
JFKQ01000037 610 0
JFKQ01000039 607 0
JFKQ01000145 601 0
JFKQ01000210 596 0
JFKQ01000278 562 0
JFKQ01000153 552 0
JFKQ01000181 551 0
JFKQ01000147 547 0
JFKQ01000063 545 0
JFKQ01000154 532 0
JFKQ01000237 525 0
JFKQ01000003 522 0
JFKQ01000013 518 0
JFKQ01000174 509 0
JFKQ01000135 505 0
JFKQ01000143 501 0
JFKQ01000288 492 0
JFKQ01000062 482 0
JFKQ01000287 478 0
JFKQ01000257 477 0
JFKQ01000193 473 0
JFKQ01000240 468 0
JFKQ01000243 463 0
JFKQ01000258 463 0
JFKQ01000200 460 0
JFKQ01000156 459 0
JFKQ01000223 458 0
JFKQ01000209 453 0
JFKQ01000139 446 0
JFKQ01000059 443 0
JFKQ01000104 440 0
JFKQ01000084 439 0
JFKQ01000040 438 0
JFKQ01000137 428 0
JFKQ01000032 428 0
JFKQ01000221 427 0
JFKQ01000024 427 0
JFKQ01000089 426 0
JFKQ01000142 422 0
JFKQ01000129 419 0
JFKQ01000207 418 0
JFKQ01000271 415 0
JFKQ01000241 415 0
JFKQ01000141 410 0
JFKQ01000133 409 0
JFKQ01000263 405 0
JFKQ01000182 403 0
JFKQ01000256 396 0
JFKQ01000159 395 0
JFKQ01000160 394 0
JFKQ01000102 390 0
JFKQ01000081 388 0
JFKQ01000085 388 0
JFKQ01000198 387 0
JFKQ01000276 383 0
JFKQ01000041 378 0
JFKQ01000168 373 0
JFKQ01000149 373 0
JFKQ01000248 372 0
JFKQ01000211 371 0
JFKQ01000230 364 0
JFKQ01000155 362 0
JFKQ01000187 362 0
JFKQ01000042 358 0
JFKQ01000045 358 0
JFKQ01000189 348 0
JFKQ01000172 347 0
JFKQ01000012 341 0
JFKQ01000186 340 0
JFKQ01000116 337 0
JFKQ01000079 336 0
JFKQ01000195 335 0
JFKQ01000114 335 0
JFKQ01000219 334 0
JFKQ01000086 334 0
JFKQ01000083 334 0
JFKQ01000005 332 0
JFKQ01000025 332 0
JFKQ01000124 331 0
JFKQ01000109 329 0
JFKQ01000022 328 0
JFKQ01000229 326 0
JFKQ01000119 316 0
JFKQ01000224 315 0
JFKQ01000134 313 0
JFKQ01000071 311 0
JFKQ01000113 311 0
JFKQ01000178 311 0
JFKQ01000275 310 0
JFKQ01000070 301 0
JFKQ01000231 298 0
JFKQ01000206 294 0
JFKQ01000098 291 0
JFKQ01000095 290 0
JFKQ01000004 288 0
JFKQ01000028 288 0
JFKQ01000279 287 0
JFKQ01000019 287 0
JFKQ01000136 286 0
JFKQ01000201 285 0
JFKQ01000152 284 0
JFKQ01000132 284 0
JFKQ01000126 283 0
JFKQ01000244 282 0
JFKQ01000130 279 0
JFKQ01000191 278 0
JFKQ01000096 277 0
JFKQ01000175 274 0
JFKQ01000249 274 0
JFKQ01000029 274 0
JFKQ01000267 273 0
JFKQ01000080 273 0
JFKQ01000099 273 0
JFKQ01000082 272 0
JFKQ01000026 270 0
JFKQ01000090 270 0
JFKQ01000150 269 0
JFKQ01000093 268 0
JFKQ01000242 268 0
JFKQ01000073 267 0
JFKQ01000158 264 0
JFKQ01000177 264 0
JFKQ01000078 263 0
JFKQ01000188 262 0
JFKQ01000199 260 0
JFKQ01000046 260 0
JFKQ01000286 256 0
JFKQ01000273 254 0
JFKQ01000103 254 0
JFKQ01000197 254 0
JFKQ01000148 254 0
JFKQ01000228 253 0
JFKQ01000061 252 0
JFKQ01000162 249 0
JFKQ01000044 249 0
JFKQ01000110 247 0
JFKQ01000138 245 0
JFKQ01000068 243 0
JFKQ01000190 243 0
JFKQ01000048 243 0
JFKQ01000146 242 0
JFKQ01000111 240 0
JFKQ01000225 239 0
JFKQ01000001 239 0
JFKQ01000218 238 0
JFKQ01000203 238 0
JFKQ01000164 237 0
JFKQ01000072 237 0
JFKQ01000194 236 0
JFKQ01000163 236 0
JFKQ01000115 236 0
JFKQ01000108 235 0
JFKQ01000020 234 0
JFKQ01000123 232 0
JFKQ01000027 231 0
JFKQ01000222 230 0
JFKQ01000121 230 0
JFKQ01000021 229 0
JFKQ01000097 229 0
JFKQ01000069 229 0
JFKQ01000161 229 0
JFKQ01000112 228 0
JFKQ01000184 225 0
JFKQ01000212 225 0
JFKQ01000274 225 0
JFKQ01000151 225 0
JFKQ01000251 224 0
JFKQ01000118 223 0
JFKQ01000183 223 0
JFKQ01000091 223 0
JFKQ01000208 222 0
JFKQ01000002 221 0
JFKQ01000128 220 0
JFKQ01000250 219 0
JFKQ01000127 219 0
JFKQ01000047 219 0
JFKQ01000280 219 0
JFKQ01000179 215 0
JFKQ01000272 212 0
JFKQ01000030 212 0
JFKQ01000088 211 0
JFKQ01000117 211 0
JFKQ01000066 211 0
JFKQ01000087 210 0
JFKQ01000125 209 0
JFKQ01000064 207 0
JFKQ01000180 206 0
JFKQ01000092 206 0
JFKQ01000285 206 0
JFKQ01000067 206 0
JFKQ01000238 205 0
JFKQ01000157 204 0
JFKQ01000192 204 0
JFKQ01000050 204 0
JFKQ01000220 203 0
JFKQ01000227 203 0
JFKQ01000131 201 0
JFKQ01000176 201 0
JFKQ01000023 201 0
JFKQ01000239 200 0
JFKQ01000284 200 0
JFKQ01000277 200 0
JFKQ01000185 200 0
JFKQ01000120 146 0
JFKQ01000122 99 0
Total 1,318,926 0
Features FeaturesView : 0 features

Genes

? | +/- | Top
List GenesView csv txt FAA
Geneset GenesetView
Function category GeneCategoryView csv txt
Annotation Gene Annotation WordCloudView

Tools and analysis

? | +/- | Top
BLAST2
KazusaMart Dataset GCA_000635275.1

Genome-scale data

? | +/- | Top
Curated mutant information Genes and Mutants - as known as CyanoGenes/Mutants
Proteome
Interactome
Transcriptome
Bibliome References from Kazusa GeneIndexing articles External

Bibliography

? | +/- | Top
References
Gene Indexing Kazusa GeneIndexing articles External Feed-icon

Resources

? | +/- | Top
Data dowonload Distribution of Sequence and Annotated Data Files (FTP) External
Sequence data INSDB DNA DataBank FlatFiles External
Social genome annotation
DAS service
NCBI Taxonomy Taxonomy ID: External
KEGG GENOME External
UniProt taxonomy: in UniProt External

API

? | +/- | Top
Genomes Chromosomes/Plasmids
Genes File format:
ColumnDescription or example
1Data source nameSynechocystis
2IDslr1311
3Chromosome nameChr
4Start position7229
5End position8311
6Orientation+ or -
7Definitionphotosystem II D1 protein
Protein sequences /cyanobase/GCA_000635275.1/genes.faa -- AminoAcids sequence in Fasta format.
Nucleotide sequences
Gene symbols /cyanobase/GCA_000635275.1/genes/search/dsn/gene_symbol.txt (File format)
GeneIndex gnames /cyanobase/GCA_000635275.1/genes/search/dsn/gi_gname.txt (File format)
Gene function category File format:
ColumnDescription or example
1Gene IDsll0084
2Gene Deffinitionputative phosphatase
3First category IDA
4First category nameAmino acid biosynthesis
5Second category IDA1
6Second category nameAromatic amino acid family
Gene annotation word clouds /cyanobase/GCA_000635275.1/genes/word_cloud.txt -- tab delimitered text format.
File format:
ColumnDescription or example
1Word
2CountInteger
/cyanobase/GCA_000635275.1/genes/word_cloud?style=plain -- Plain view in html
/cyanobase/GCA_000635275.1/genes/word_cloud?c=10 -- 10 counts cut-off in html.
GO Terms by ipr2go /api/cyanobase/GCA_000635275.1/genes/goterm.txt (File format)
InterProScan matches /api/cyanobase/GCA_000635275.1/genes/interpro.txt (File format)

Kazusa DNA Research Institute

Licence and disclaimer