cyanobase » Prochlorococcus sp. scB241_529J15

Prochlorococcus sp. scB241_529J15

Summary

? | +/- | Top
Data source name GCA_000634795.1
Full name Prochlorococcus sp. scB241_529J15 External
Taxonomy Lineage Cyanobacteria; Prochlorales; Prochlorococcaceae; Prochlorococcus.

Genome Information

? | +/- | Top
Chromosomes
Name Size (bp) Genes
JFLQ01000177 297,607 0
JFLQ01000114 208,164 0
JFLQ01000052 176,677 0
JFLQ01000079 143,513 0
JFLQ01000077 121,407 0
JFLQ01000094 76,291 0
JFLQ01000084 53,739 0
JFLQ01000083 50,828 0
JFLQ01000113 26,627 0
JFLQ01000042 26,317 0
JFLQ01000176 21,624 0
JFLQ01000065 20,146 0
JFLQ01000108 18,993 0
JFLQ01000051 17,864 0
JFLQ01000081 16,617 0
JFLQ01000002 16,052 0
JFLQ01000040 14,948 0
JFLQ01000088 13,051 0
JFLQ01000001 12,383 0
JFLQ01000133 12,140 0
JFLQ01000106 11,492 0
JFLQ01000091 11,204 0
JFLQ01000066 10,843 0
JFLQ01000064 9,940 0
JFLQ01000080 9,925 0
JFLQ01000175 9,579 0
JFLQ01000087 9,294 0
JFLQ01000004 8,539 0
JFLQ01000112 8,347 0
JFLQ01000038 8,136 0
JFLQ01000111 7,233 0
JFLQ01000005 6,868 0
JFLQ01000078 5,966 0
JFLQ01000036 5,290 0
JFLQ01000037 5,041 0
JFLQ01000134 4,596 0
JFLQ01000095 4,284 0
JFLQ01000085 4,116 0
JFLQ01000130 4,095 0
JFLQ01000067 4,025 0
JFLQ01000082 3,729 0
JFLQ01000003 3,681 0
JFLQ01000115 3,640 0
JFLQ01000174 3,572 0
JFLQ01000110 3,506 0
JFLQ01000092 3,457 0
JFLQ01000055 2,971 0
JFLQ01000056 2,666 0
JFLQ01000116 2,640 0
JFLQ01000006 2,585 0
JFLQ01000123 2,540 0
JFLQ01000058 2,347 0
JFLQ01000179 2,298 0
JFLQ01000131 2,016 0
JFLQ01000039 2,003 0
JFLQ01000090 1,882 0
JFLQ01000128 1,847 0
JFLQ01000034 1,820 0
JFLQ01000089 1,535 0
JFLQ01000135 1,465 0
JFLQ01000132 1,222 0
JFLQ01000137 1,202 0
JFLQ01000043 1,155 0
JFLQ01000041 1,153 0
JFLQ01000122 1,153 0
JFLQ01000107 1,103 0
JFLQ01000045 1,094 0
JFLQ01000075 1,028 0
JFLQ01000093 1,022 0
JFLQ01000033 975 0
JFLQ01000049 952 0
JFLQ01000127 942 0
JFLQ01000061 832 0
JFLQ01000104 794 0
JFLQ01000124 792 0
JFLQ01000054 720 0
JFLQ01000172 713 0
JFLQ01000103 704 0
JFLQ01000121 698 0
JFLQ01000031 696 0
JFLQ01000017 694 0
JFLQ01000026 645 0
JFLQ01000063 630 0
JFLQ01000100 613 0
JFLQ01000120 598 0
JFLQ01000169 591 0
JFLQ01000032 591 0
JFLQ01000141 584 0
JFLQ01000014 576 0
JFLQ01000019 575 0
JFLQ01000012 567 0
JFLQ01000142 563 0
JFLQ01000125 559 0
JFLQ01000046 558 0
JFLQ01000145 545 0
JFLQ01000148 528 0
JFLQ01000044 524 0
JFLQ01000109 516 0
JFLQ01000144 509 0
JFLQ01000071 503 0
JFLQ01000048 494 0
JFLQ01000022 490 0
JFLQ01000139 472 0
JFLQ01000126 462 0
JFLQ01000027 459 0
JFLQ01000020 458 0
JFLQ01000171 445 0
JFLQ01000018 435 0
JFLQ01000068 432 0
JFLQ01000105 422 0
JFLQ01000021 413 0
JFLQ01000074 413 0
JFLQ01000117 405 0
JFLQ01000024 403 0
JFLQ01000070 393 0
JFLQ01000146 390 0
JFLQ01000047 383 0
JFLQ01000053 381 0
JFLQ01000096 381 0
JFLQ01000102 374 0
JFLQ01000098 367 0
JFLQ01000143 354 0
JFLQ01000069 351 0
JFLQ01000073 343 0
JFLQ01000170 342 0
JFLQ01000180 339 0
JFLQ01000150 336 0
JFLQ01000153 330 0
JFLQ01000008 327 0
JFLQ01000140 326 0
JFLQ01000009 323 0
JFLQ01000147 322 0
JFLQ01000076 313 0
JFLQ01000010 313 0
JFLQ01000129 311 0
JFLQ01000156 310 0
JFLQ01000072 309 0
JFLQ01000151 308 0
JFLQ01000015 299 0
JFLQ01000028 288 0
JFLQ01000016 288 0
JFLQ01000013 286 0
JFLQ01000050 283 0
JFLQ01000164 279 0
JFLQ01000097 277 0
JFLQ01000062 276 0
JFLQ01000136 272 0
JFLQ01000086 269 0
JFLQ01000030 265 0
JFLQ01000173 251 0
JFLQ01000158 250 0
JFLQ01000166 248 0
JFLQ01000059 248 0
JFLQ01000011 245 0
JFLQ01000161 245 0
JFLQ01000035 243 0
JFLQ01000157 240 0
JFLQ01000119 239 0
JFLQ01000159 236 0
JFLQ01000154 236 0
JFLQ01000138 236 0
JFLQ01000023 236 0
JFLQ01000101 235 0
JFLQ01000149 235 0
JFLQ01000167 234 0
JFLQ01000163 227 0
JFLQ01000118 227 0
JFLQ01000057 226 0
JFLQ01000060 224 0
JFLQ01000160 223 0
JFLQ01000007 223 0
JFLQ01000178 222 0
JFLQ01000025 219 0
JFLQ01000099 217 0
JFLQ01000162 217 0
JFLQ01000165 216 0
JFLQ01000152 212 0
JFLQ01000168 208 0
JFLQ01000029 202 0
JFLQ01000155 201 0
Total 1,601,052 0
Features FeaturesView : 0 features

Genes

? | +/- | Top
List GenesView csv txt FAA
Geneset GenesetView
Function category GeneCategoryView csv txt
Annotation Gene Annotation WordCloudView

Tools and analysis

? | +/- | Top
BLAST2
KazusaMart Dataset GCA_000634795.1

Genome-scale data

? | +/- | Top
Curated mutant information Genes and Mutants - as known as CyanoGenes/Mutants
Proteome
Interactome
Transcriptome
Bibliome References from Kazusa GeneIndexing articles External

Bibliography

? | +/- | Top
References
Gene Indexing Kazusa GeneIndexing articles External Feed-icon

Resources

? | +/- | Top
Data dowonload Distribution of Sequence and Annotated Data Files (FTP) External
Sequence data INSDB DNA DataBank FlatFiles External
Social genome annotation
DAS service
NCBI Taxonomy Taxonomy ID: External
KEGG GENOME External
UniProt taxonomy: in UniProt External

API

? | +/- | Top
Genomes Chromosomes/Plasmids
Genes File format:
ColumnDescription or example
1Data source nameSynechocystis
2IDslr1311
3Chromosome nameChr
4Start position7229
5End position8311
6Orientation+ or -
7Definitionphotosystem II D1 protein
Protein sequences /cyanobase/GCA_000634795.1/genes.faa -- AminoAcids sequence in Fasta format.
Nucleotide sequences
Gene symbols /cyanobase/GCA_000634795.1/genes/search/dsn/gene_symbol.txt (File format)
GeneIndex gnames /cyanobase/GCA_000634795.1/genes/search/dsn/gi_gname.txt (File format)
Gene function category File format:
ColumnDescription or example
1Gene IDsll0084
2Gene Deffinitionputative phosphatase
3First category IDA
4First category nameAmino acid biosynthesis
5Second category IDA1
6Second category nameAromatic amino acid family
Gene annotation word clouds /cyanobase/GCA_000634795.1/genes/word_cloud.txt -- tab delimitered text format.
File format:
ColumnDescription or example
1Word
2CountInteger
/cyanobase/GCA_000634795.1/genes/word_cloud?style=plain -- Plain view in html
/cyanobase/GCA_000634795.1/genes/word_cloud?c=10 -- 10 counts cut-off in html.
GO Terms by ipr2go /api/cyanobase/GCA_000634795.1/genes/goterm.txt (File format)
InterProScan matches /api/cyanobase/GCA_000634795.1/genes/interpro.txt (File format)

Kazusa DNA Research Institute

Licence and disclaimer