cyanobase » Microcystis aeruginosa SPC777

Microcystis aeruginosa SPC777

Summary

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Data source name GCA_000412595.1
Full name Microcystis aeruginosa SPC777 External
Taxonomy Lineage Cyanobacteria; Oscillatoriophycideae; Chroococcales; Microcystis.

Genome Information

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Chromosomes
Name Size (bp) Genes
ASZQ01000278 145,407 131
ASZQ01000275 104,107 73
ASZQ01000001 100,286 99
ASZQ01000269 94,896 96
ASZQ01000191 88,480 94
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ASZQ01000253 79,227 74
ASZQ01000229 78,153 78
ASZQ01000276 73,854 58
ASZQ01000231 71,090 67
ASZQ01000265 67,442 71
ASZQ01000267 64,247 60
ASZQ01000005 64,071 67
ASZQ01000271 61,240 59
ASZQ01000219 59,809 56
ASZQ01000277 58,295 53
ASZQ01000262 55,260 49
ASZQ01000243 55,163 56
ASZQ01000200 55,033 42
ASZQ01000273 54,993 43
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ASZQ01000223 53,187 49
ASZQ01000255 52,697 48
ASZQ01000225 51,899 37
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ASZQ01000263 48,142 51
ASZQ01000247 47,897 52
ASZQ01000242 47,412 49
ASZQ01000272 46,881 42
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ASZQ01000238 44,776 39
ASZQ01000251 44,040 43
ASZQ01000222 43,969 40
ASZQ01000266 42,697 53
ASZQ01000249 41,698 39
ASZQ01000274 41,243 30
ASZQ01000012 41,125 33
ASZQ01000256 40,799 46
ASZQ01000234 40,051 36
ASZQ01000208 39,175 46
ASZQ01000232 38,899 36
ASZQ01000224 38,689 47
ASZQ01000268 37,548 32
ASZQ01000260 36,864 27
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ASZQ01000270 36,579 35
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ASZQ01000250 35,211 32
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ASZQ01000215 32,965 26
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ASZQ01000217 31,738 27
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ASZQ01000206 22,139 19
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ASZQ01000204 21,532 21
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ASZQ01000199 19,001 22
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ASZQ01000013 18,168 19
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ASZQ01000003 17,854 20
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ASZQ01000015 16,582 22
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ASZQ01000139 16,147 16
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ASZQ01000014 505 1
Total 5,454,996 5,290
Features FeaturesView : 0 features

Genes

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List GenesView csv txt FAA
Geneset GenesetView
Function category GeneCategoryView csv txt
Annotation Gene Annotation WordCloudView

Tools and analysis

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BLAST2
KazusaMart Dataset GCA_000412595.1

Genome-scale data

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Curated mutant information Genes and Mutants - as known as CyanoGenes/Mutants
Proteome
Interactome
Transcriptome
Bibliome References from Kazusa GeneIndexing articles External

Bibliography

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References
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Resources

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Sequence data INSDB DNA DataBank FlatFiles External
Social genome annotation
DAS service
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API

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Genomes Chromosomes/Plasmids
Genes File format:
ColumnDescription or example
1Data source nameSynechocystis
2IDslr1311
3Chromosome nameChr
4Start position7229
5End position8311
6Orientation+ or -
7Definitionphotosystem II D1 protein
Protein sequences /cyanobase/GCA_000412595.1/genes.faa -- AminoAcids sequence in Fasta format.
Nucleotide sequences
Gene symbols /cyanobase/GCA_000412595.1/genes/search/dsn/gene_symbol.txt (File format)
GeneIndex gnames /cyanobase/GCA_000412595.1/genes/search/dsn/gi_gname.txt (File format)
Gene function category File format:
ColumnDescription or example
1Gene IDsll0084
2Gene Deffinitionputative phosphatase
3First category IDA
4First category nameAmino acid biosynthesis
5Second category IDA1
6Second category nameAromatic amino acid family
Gene annotation word clouds /cyanobase/GCA_000412595.1/genes/word_cloud.txt -- tab delimitered text format.
File format:
ColumnDescription or example
1Word
2CountInteger
/cyanobase/GCA_000412595.1/genes/word_cloud?style=plain -- Plain view in html
/cyanobase/GCA_000412595.1/genes/word_cloud?c=10 -- 10 counts cut-off in html.
GO Terms by ipr2go /api/cyanobase/GCA_000412595.1/genes/goterm.txt (File format)
InterProScan matches /api/cyanobase/GCA_000412595.1/genes/interpro.txt (File format)

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