cyanobase » Richelia intracellularis HM01

Richelia intracellularis HM01

Summary

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Data source name GCA_000350125.1
Full name Richelia intracellularis HM01 External
Taxonomy Lineage Cyanobacteria; Nostocales; Nostocaceae; Richelia.

Genome Information

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Chromosomes
Name Size (bp) Genes
CAIS01000775 56,341 41
CAIS01000393 49,995 33
CAIS01000037 40,142 31
CAIS01000751 39,823 22
CAIS01000343 35,932 22
CAIS01000331 32,997 31
CAIS01000131 32,562 27
CAIS01000610 28,811 26
CAIS01000363 25,813 15
CAIS01000796 25,522 17
CAIS01000338 23,500 12
CAIS01000185 23,450 20
CAIS01000279 22,023 12
CAIS01000666 21,324 14
CAIS01000068 19,716 14
CAIS01000682 19,162 12
CAIS01000076 18,882 15
CAIS01000638 18,806 12
CAIS01000482 18,721 17
CAIS01000911 17,981 11
CAIS01000032 17,916 18
CAIS01000663 17,520 14
CAIS01000283 16,767 12
CAIS01000102 16,229 13
CAIS01000126 16,063 11
CAIS01000897 16,055 13
CAIS01000727 16,011 17
CAIS01000372 15,673 12
CAIS01000253 15,653 13
CAIS01000034 14,549 10
CAIS01000642 14,381 11
CAIS01000543 13,814 13
CAIS01000522 13,740 11
CAIS01000203 13,730 15
CAIS01000875 13,433 9
CAIS01000388 13,378 13
CAIS01000074 13,131 7
CAIS01000820 12,978 10
CAIS01000894 12,474 10
CAIS01000703 11,481 9
CAIS01000142 11,454 15
CAIS01000534 11,293 10
CAIS01000183 11,145 9
CAIS01000051 11,077 6
CAIS01000915 11,066 19
CAIS01000874 11,060 5
CAIS01000217 10,507 12
CAIS01000709 10,355 9
CAIS01000818 10,075 6
CAIS01000156 9,846 4
CAIS01000272 9,746 10
CAIS01000143 9,604 11
CAIS01000273 9,598 7
CAIS01000900 9,482 12
CAIS01000626 9,316 7
CAIS01000590 9,280 6
CAIS01000150 9,202 6
CAIS01000173 9,033 7
CAIS01000023 8,916 6
CAIS01000072 8,886 7
CAIS01000877 8,845 10
CAIS01000792 8,785 7
CAIS01000772 8,728 9
CAIS01000773 8,270 8
CAIS01000256 8,088 6
CAIS01000130 8,077 6
CAIS01000806 7,762 6
CAIS01000202 7,481 6
CAIS01000544 7,299 7
CAIS01000314 7,195 4
CAIS01000435 7,072 5
CAIS01000640 6,901 5
CAIS01000651 6,831 5
CAIS01000151 6,818 3
CAIS01000351 6,496 4
CAIS01000657 6,429 6
CAIS01000334 6,253 2
CAIS01000847 6,102 5
CAIS01000090 5,986 7
CAIS01000634 5,662 4
CAIS01000132 5,543 3
CAIS01000714 5,302 6
CAIS01000400 5,277 6
CAIS01000404 5,244 3
CAIS01000898 5,200 5
CAIS01000454 5,171 5
CAIS01000307 5,161 4
CAIS01000039 5,108 4
CAIS01000805 5,040 7
CAIS01000223 5,033 5
CAIS01000776 4,962 2
CAIS01000121 4,945 4
CAIS01000765 4,695 4
CAIS01000422 4,679 2
CAIS01000695 4,641 2
CAIS01000117 4,619 2
CAIS01000042 4,570 6
CAIS01000048 4,529 4
CAIS01000264 4,512 6
CAIS01000154 4,449 6
CAIS01000537 4,392 3
CAIS01000899 4,383 2
CAIS01000641 4,363 4
CAIS01000237 4,302 4
CAIS01000471 4,245 2
CAIS01000529 4,219 6
CAIS01000614 4,192 4
CAIS01000251 4,153 2
CAIS01000567 4,108 1
CAIS01000095 4,095 2
CAIS01000668 4,092 2
CAIS01000115 4,069 3
CAIS01000725 4,056 2
CAIS01000434 4,041 3
CAIS01000664 4,020 2
CAIS01000234 3,956 3
CAIS01000479 3,829 4
CAIS01000863 3,789 5
CAIS01000198 3,762 6
CAIS01000797 3,669 4
CAIS01000930 3,639 3
CAIS01000061 3,561 2
CAIS01000149 3,543 5
CAIS01000340 3,539 5
CAIS01000097 3,525 3
CAIS01000794 3,501 1
CAIS01000627 3,493 1
CAIS01000381 3,477 3
CAIS01000914 3,471 2
CAIS01000306 3,422 3
CAIS01000114 3,348 2
CAIS01000596 3,341 2
CAIS01000071 3,328 2
CAIS01000014 3,290 3
CAIS01000313 3,288 1
CAIS01000688 3,278 4
CAIS01000648 3,227 2
CAIS01000693 3,221 2
CAIS01000127 3,199 5
CAIS01000622 3,195 1
CAIS01000231 3,120 4
CAIS01000923 3,117 5
CAIS01000613 3,072 2
CAIS01000585 3,035 2
CAIS01000195 3,005 1
CAIS01000789 2,999 4
CAIS01000082 2,979 4
CAIS01000261 2,908 4
CAIS01000427 2,905 1
CAIS01000934 2,878 3
CAIS01000770 2,874 1
CAIS01000077 2,871 2
CAIS01000759 2,858 2
CAIS01000168 2,834 2
CAIS01000441 2,816 4
CAIS01000839 2,778 1
CAIS01000878 2,681 3
CAIS01000738 2,661 2
CAIS01000395 2,655 3
CAIS01000542 2,621 2
CAIS01000153 2,610 2
CAIS01000010 2,589 2
CAIS01000814 2,588 2
CAIS01000147 2,576 3
CAIS01000347 2,523 2
CAIS01000750 2,516 1
CAIS01000446 2,495 1
CAIS01000375 2,493 2
CAIS01000672 2,464 2
CAIS01000852 2,461 2
CAIS01000394 2,445 1
CAIS01000502 2,439 0
CAIS01000308 2,402 2
CAIS01000040 2,388 3
CAIS01000514 2,379 2
CAIS01000866 2,377 1
CAIS01000113 2,361 1
CAIS01000450 2,332 2
CAIS01000432 2,321 1
CAIS01000746 2,304 2
CAIS01000643 2,288 3
CAIS01000867 2,259 2
CAIS01000317 2,235 1
CAIS01000790 2,214 2
CAIS01000617 2,201 2
CAIS01000267 2,195 1
CAIS01000734 2,194 2
CAIS01000904 2,185 1
CAIS01000731 2,184 0
CAIS01000692 2,177 3
CAIS01000691 2,164 3
CAIS01000221 2,164 3
CAIS01000510 2,148 0
CAIS01000453 2,148 1
CAIS01000883 2,142 3
CAIS01000808 2,122 2
CAIS01000869 2,119 1
CAIS01000228 2,107 2
CAIS01000646 2,101 1
CAIS01000779 2,100 0
CAIS01000588 2,088 0
CAIS01000783 2,059 1
CAIS01000539 2,056 0
CAIS01000277 2,049 2
CAIS01000621 2,044 2
CAIS01000319 2,041 1
CAIS01000552 2,036 1
CAIS01000458 2,032 4
CAIS01000865 2,022 1
CAIS01000368 2,011 0
CAIS01000416 1,993 3
CAIS01000860 1,972 1
CAIS01000484 1,967 2
CAIS01000655 1,960 2
CAIS01000902 1,958 2
CAIS01000871 1,951 1
CAIS01000649 1,950 1
CAIS01000332 1,947 3
CAIS01000713 1,931 2
CAIS01000755 1,929 2
CAIS01000397 1,929 2
CAIS01000758 1,924 1
CAIS01000778 1,923 1
CAIS01000208 1,916 1
CAIS01000065 1,897 1
CAIS01000876 1,879 0
CAIS01000677 1,875 2
CAIS01000389 1,858 2
CAIS01000364 1,839 3
CAIS01000239 1,825 2
CAIS01000066 1,802 3
CAIS01000830 1,786 2
CAIS01000265 1,786 1
CAIS01000124 1,785 1
CAIS01000093 1,782 1
CAIS01000573 1,777 2
CAIS01000825 1,762 2
CAIS01000103 1,752 1
CAIS01000858 1,751 0
CAIS01000791 1,747 1
CAIS01000020 1,743 1
CAIS01000580 1,741 1
CAIS01000369 1,729 2
CAIS01000112 1,728 1
CAIS01000483 1,719 2
CAIS01000245 1,717 1
CAIS01000320 1,712 1
CAIS01000556 1,696 2
CAIS01000254 1,663 1
CAIS01000469 1,639 1
CAIS01000216 1,630 1
CAIS01000733 1,620 1
CAIS01000464 1,597 2
CAIS01000229 1,591 2
CAIS01000821 1,591 0
CAIS01000081 1,590 1
CAIS01000684 1,579 1
CAIS01000743 1,577 1
CAIS01000206 1,573 0
CAIS01000582 1,564 1
CAIS01000080 1,562 2
CAIS01000041 1,562 3
CAIS01000145 1,550 2
CAIS01000018 1,541 0
CAIS01000199 1,540 1
CAIS01000929 1,540 1
CAIS01000901 1,535 0
CAIS01000399 1,527 1
CAIS01000802 1,525 1
CAIS01000670 1,519 2
CAIS01000675 1,519 2
CAIS01000430 1,505 1
CAIS01000788 1,498 1
CAIS01000024 1,493 2
CAIS01000094 1,487 2
CAIS01000391 1,487 2
CAIS01000033 1,482 2
CAIS01000187 1,481 3
CAIS01000612 1,480 3
CAIS01000913 1,479 2
CAIS01000257 1,477 0
CAIS01000781 1,467 0
CAIS01000916 1,463 2
CAIS01000425 1,460 0
CAIS01000744 1,449 1
CAIS01000749 1,447 1
CAIS01000927 1,444 2
CAIS01000291 1,437 1
CAIS01000073 1,425 1
CAIS01000107 1,425 1
CAIS01000366 1,422 0
CAIS01000472 1,413 1
CAIS01000311 1,405 1
CAIS01000885 1,399 1
CAIS01000629 1,395 1
CAIS01000160 1,388 1
CAIS01000518 1,387 1
CAIS01000873 1,380 0
CAIS01000350 1,377 0
CAIS01000378 1,369 1
CAIS01000785 1,368 1
CAIS01000800 1,365 1
CAIS01000535 1,361 0
CAIS01000843 1,354 1
CAIS01000299 1,343 0
CAIS01000184 1,339 2
CAIS01000601 1,330 0
CAIS01000817 1,326 0
CAIS01000620 1,325 2
CAIS01000523 1,322 1
CAIS01000586 1,314 1
CAIS01000214 1,313 1
CAIS01000524 1,311 1
CAIS01000636 1,296 2
CAIS01000630 1,295 1
CAIS01000377 1,294 1
CAIS01000747 1,287 1
CAIS01000834 1,283 0
CAIS01000210 1,275 1
CAIS01000844 1,264 0
CAIS01000701 1,264 2
CAIS01000031 1,264 0
CAIS01000192 1,259 0
CAIS01000049 1,259 2
CAIS01000932 1,258 0
CAIS01000690 1,252 1
CAIS01000161 1,247 0
CAIS01000925 1,242 2
CAIS01000568 1,240 1
CAIS01000296 1,235 2
CAIS01000170 1,234 1
CAIS01000316 1,230 2
CAIS01000936 1,229 0
CAIS01000111 1,229 2
CAIS01000766 1,228 1
CAIS01000169 1,213 2
CAIS01000091 1,212 0
CAIS01000809 1,208 3
CAIS01000224 1,207 2
CAIS01000201 1,207 1
CAIS01000447 1,205 1
CAIS01000002 1,202 2
CAIS01000881 1,201 2
CAIS01000565 1,199 2
CAIS01000474 1,199 0
CAIS01000460 1,198 1
CAIS01000242 1,193 2
CAIS01000410 1,187 2
CAIS01000921 1,178 1
CAIS01000019 1,160 1
CAIS01000468 1,143 1
CAIS01000462 1,142 1
CAIS01000531 1,137 0
CAIS01000855 1,136 2
CAIS01000181 1,135 1
CAIS01000528 1,133 1
CAIS01000505 1,133 1
CAIS01000653 1,132 0
CAIS01000009 1,127 0
CAIS01000038 1,125 0
CAIS01000407 1,122 2
CAIS01000857 1,117 0
CAIS01000832 1,115 0
CAIS01000297 1,109 1
CAIS01000084 1,109 0
CAIS01000196 1,099 2
CAIS01000816 1,098 1
CAIS01000123 1,096 0
CAIS01000480 1,092 1
CAIS01000324 1,090 0
CAIS01000137 1,089 1
CAIS01000052 1,088 0
CAIS01000286 1,087 1
CAIS01000125 1,078 0
CAIS01000016 1,076 0
CAIS01000110 1,073 2
CAIS01000280 1,070 1
CAIS01000583 1,069 0
CAIS01000516 1,067 0
CAIS01000698 1,062 1
CAIS01000437 1,060 1
CAIS01000255 1,058 2
CAIS01000644 1,055 0
CAIS01000011 1,054 3
CAIS01000756 1,054 1
CAIS01000674 1,050 0
CAIS01000290 1,046 1
CAIS01000282 1,042 1
CAIS01000577 1,038 0
CAIS01000941 1,037 0
CAIS01000089 1,034 2
CAIS01000136 1,033 2
CAIS01000341 1,030 0
CAIS01000100 1,029 0
CAIS01000310 1,019 0
CAIS01000017 1,016 1
CAIS01000678 1,001 2
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Features FeaturesView : 0 features

Genes

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List GenesView csv txt FAA
Geneset GenesetView
Function category GeneCategoryView csv txt
Annotation Gene Annotation WordCloudView

Tools and analysis

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BLAST2
KazusaMart Dataset GCA_000350125.1

Genome-scale data

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Curated mutant information Genes and Mutants - as known as CyanoGenes/Mutants
Proteome
Interactome
Transcriptome
Bibliome References from Kazusa GeneIndexing articles External

Bibliography

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References
Gene Indexing Kazusa GeneIndexing articles External Feed-icon

Resources

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Data dowonload Distribution of Sequence and Annotated Data Files (FTP) External
Sequence data INSDB DNA DataBank FlatFiles External
Social genome annotation
DAS service
NCBI Taxonomy Taxonomy ID: External
KEGG GENOME External
UniProt taxonomy: in UniProt External

API

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Genomes Chromosomes/Plasmids
Genes File format:
ColumnDescription or example
1Data source nameSynechocystis
2IDslr1311
3Chromosome nameChr
4Start position7229
5End position8311
6Orientation+ or -
7Definitionphotosystem II D1 protein
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Nucleotide sequences
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GeneIndex gnames /cyanobase/GCA_000350125.1/genes/search/dsn/gi_gname.txt (File format)
Gene function category File format:
ColumnDescription or example
1Gene IDsll0084
2Gene Deffinitionputative phosphatase
3First category IDA
4First category nameAmino acid biosynthesis
5Second category IDA1
6Second category nameAromatic amino acid family
Gene annotation word clouds /cyanobase/GCA_000350125.1/genes/word_cloud.txt -- tab delimitered text format.
File format:
ColumnDescription or example
1Word
2CountInteger
/cyanobase/GCA_000350125.1/genes/word_cloud?style=plain -- Plain view in html
/cyanobase/GCA_000350125.1/genes/word_cloud?c=10 -- 10 counts cut-off in html.
GO Terms by ipr2go /api/cyanobase/GCA_000350125.1/genes/goterm.txt (File format)
InterProScan matches /api/cyanobase/GCA_000350125.1/genes/interpro.txt (File format)

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